Le conseil d'administration de la FCNQ est composé d'un représentant de chaque coopérative choisi par le conseil d'administration de celle-ci.
La personne choisie par la coopérative doit être un membre de son conseil d'administration ou son directeur général. Dans le cas de la coopérative de Kuujjuarapik, il y a deux représentants: un qui est choisi par les administrateurs cris de la coopérative et l'autre par les administrateurs inuits. Le mandat des représentants de la FCNQ est d'un an.
Lors de leur première rencontre suivant l'assemblée générale annuelle de la FCNQ, le conseil d'administration élit un président, deux vice-présidents (un de la côte de la Baie d'Ungava et un de la côte de la Baie d'Hudson) et deux cadres de direction parmi le conseil d'administration de la FCNQ. Le président, les vice-présidents, les cadres de direction, le secrétaire, le secrétaire adjoint et le directeur général de la FCNQ forment le conseil de direction.
Le rôle du conseil d'administration de la FCNQ est de gérer les affaires de la Fédération et d'exercer les pouvoirs en son nom.
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